Во второй половине 2013 года инициативная группа верующих граждан принимая во внимание то обстоятельство, что действующий в Комсомольском микрорайоне г. Краснодара храм в честь Святого Духа не вмещает всех желающих участвовать в проводимых богослужениях, что особенно было заметно в Великие православные церковные праздники, обратилась к правящему архиерею Екатеринодарской и Кубанской епархии с прошением о строительстве нового храма в Комсомольском микрорайоне.
В ответ на обращение православных верующих, письмом Епархиального управления от 24.03.2014г. № 326 митрополитом Екатеринодарским и Кубанским Исидором было дано благословение на открытие православного Прихода и строительство храма в честь святого Иоанна Крестителя.
Указом митрополита Екатеринодарского и Кубанского Исидора от 27.03.2014г. № 21 настоятелем Прихода назначен протоиерей Иоанн Геннадьевич Макаренко.
19.06.2014г. было получено свидетельство о государственной регистрации Прихода Иоанна Крестителя в качестве юридического лица.
16.04.2014г. митрополитом Екатеринодарским и Кубанским Исидором был утвержден Устав православного Прихода храма святого Иоанна Крестителя г. Краснодара Екатеринодарской и Кубанской Епархии Русской Православной Церкви Московского Патриархата.
18.01.2016г. Администрацией МО г. Краснодар по договору безвозмездного пользования Приходу храма был выделен земельный участок по адресу: г. Краснодар, ул. Уральская, 210 «И».
24.01.2016г. было получено разрешение Департамента Архитектуры МО г. Краснодара на возведение временного некапитального сборно-разборного сооружения для культовых целей.
Строительство здания храма проводилось без утвержденного проекта, так как в соответствии с действующим Градостроительным кодексом РФ (п.17, ст.51), для объектов с указанным выше статусом не требуется разрешительная и проектная документация.
20.12.2016г. митрополитом Екатеринодарским и Кубанским Исидором утвержден Архитектурный облик будущего здания храма.
03.07.2017г. совершено первое богослужение – отслужена Божественная Литургия.
12.09.2018г. указом митрополита Екатеринодарского и Кубанского Исидора в штат храма назначен второй священник – иерей Илья Курко.
В сентябре 2020 года Администрацией МО г. Краснодар юридический статус земельного участка ранее выделенного приходу храма определен для использования в культовых целях.
В настоящее время руководством прихода проводятся согласовательные процедуры с органами государственной власти, по вопросам связанным с оформлением нового статуса земельного участка для дальнейшего получения разрешения на строительство капитального здания для храма.
